Die ursprüngliche Orgel der Stephanuskirche stammte von der Firma Steinmeyer. 1965 wurde überlegt, diese Orgel mit 2 500 Pfeifen für 40 000 DM zu reparieren, aber man entschloss sich, eine neue Orgel zu erwerben. So wurde die alte Orgel an die Immanuelkirche in München-Denning verkauft. Den Abtransport und den Wiedereinbau besorgte die Orgelbaufirma Steinmeyer. Die Einweihung in der Immanuelkirche fand am 30. Juli 1965 durch Dekan Georg Lanzenstiel statt.

1968 erhielt die Stephanuskirche eine neue Orgel mit 37 Registern (Pfeifenreihen) von der Orgelbaufirma Detlef Kleuker in Brackwede/Westfalen. Die feierliche Orgelweihe durch Dekan Georg Lanzenstiel fand am 9. Februar 1969 statt und wurde auch vom Bläserensemble der Stephanuskirche musikalisch bereichert. Die Disposition gliedert sich in folgende Werke: Das Rückpositiv ist eine Kleinorgel im Rücken des Organisten mit acht Registern. Das Hauptwerk im Zentrum der Orgel umfasst zehn Register.